Quatros homens estão caminhando por uma Floresta na América do Sul, onde procuram por Resto de um Pokémon Raro, Mew. Sem saber que estavam sendo observados pelo Mew, os Pesquisadores continuam sua jornada até chegarem em um Monumento Construído Por uma Antiga Civilização. Nesses monumentos eles esperam encontram vestígios de Mew, que é dado como extinto por eles.
Giovanni é quem investe na pesquisa, onde ele planeja com os restos desse Pokémon Raríssimo criar um outro e assim dominar o Mundo Pokémon. Os Pesquisadores encontram então um desenho esculpido de Mew em uma Parede, e são surpreendidos quando a Sombra de Mew aparece na Parede. Os Pesquisadores então entram em uma Cabana e começam a pesquisar, e encontram um Pelo que é de Mew. Mew sem saber o que estava ocorrendo espia os Pesquisadores (sem eles notarem).
Um tempo razoável se passa e vários homens aparecem em um sombrio laboratório. Eles estão analisando o pelo que supostamente possui o DNA de Mew. Em um cenário negro, um jovem Mewtwo acorda. Ele pensa em quem ele é, no que ele é, e aonde ele está. Na realidade o Mewtwo está dentro de um tubo cheio de um líquido avermelhado. Observando o pequeno clone, os cientistas se perguntam porque, mesmo com as atividades cerebrais normalizadas, não há sinal de consciência no Mewtwo, assim como ocorreu nos clones anteriores. Dentro do tubo, Mewtwo se pergunta o que são esses sons que ele está fazendo. Uma voz responde que Mewtwo está formando palavras. A dona dessa voz surge como energia, dizendo que é uma garota, um humano, e que nunca havia visto um Pokémon que falasse. Mewtwo, confuso, pergunta se é um Pokémon ou um humano.
A pequena garota de cabelo verde diz que isso não importa, pois, já que ele também está ali, Mewtwo pode ser considerado igual à garota, ou ao Bulbasaur, Charmander e Squirtle que aparecem de repente. Os cientistas percebem algumas atividades incomuns. Para uma cientista, Mewtwo está se comunicando com os outros clones, no caso Bulbasaur, Charmander e Squirtle, por telepatia. O cientista que narrava anteriormente olha para um tubo preenchido com uma estranha luz. Enquanto isso, Mewtwo fica sabendo que todos eles são clones, por isso possuem o número dois depois de seus nomes. A garota chama-se Amber. Quando as lembranças do cientista são reveladas, sabe-se que Amber é uma clone vinda do DNA de sua filha. Fazia tempo que esse homem tentava recuperar sua filha, chegou até a perder sua mulher por causa disso. Até então, ele não conseguiu nada físico.
A caminho do laboratório, o cientista recebe notícias de que Mewtwo está cada vez mais forte. Giovanni logo terá os Pokémons mais fortes, além da possibilidade de recriar uma vida. Ainda usando a telepatia para se comunicar com os outros clones, Mewtwo vai até a cidade onde Amber morava. Ao invés de um céu negro, Mewtwo passa a admirar um céu azul. Ele aprender sobre o Sol, o vento, o pôr-do-sol, a noite e a lua, àquela que permanece a noite inteira fazendo companhia aos solitários. De repente Charmander some, além de seus dados no computador do laboratório. Bulbasaur e Squirtle também desaparecem, tanto do "sonho" de Mewtwo, quanto dos tubos do laboratório. Por último, Amber também começa a desaparecer, assim como sua cidade e como a estranha luz protegida pelo cientista. Brilhando e tornando-se quase um fantasma, Amber explica que Mewtwo agora está chorando.
Amber conta que seu pai dizia que quando um Pokémon estava triste e chorava, suas lágrimas traziam vida. Ela agradece por Mewtwo ter se preocupado com ela, e antes de desaparecer por completo, recomenda que Mewtwo não chore mais, já que ele está vivo e a vida é maravilhosa. Chamando por Amber, Mewtwo começa a criar várias ondas cerebrais. O principal cientista diz que isso é ruim, já que Mewtwo não pode se lembrar do que aconteceu até esse momento. É preciso aplicar cem unidades de sedativo para que as atividades cerebrais de Mewtwo voltassem ao normal. Dentro daquele tubo e ao passar do tempo, Mewtwo começa a crescer, e apenas uma coisa lhe vem em sua memória apagada: "a vida é maravilhosa". Mewtwo se pergunta porquê.
Fonte: Pokémon Mythology
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